摘要
无法检测到过早的动脉粥样硬化严重阻碍了个性化治疗预防冠心病的实施。全面了解动脉蛋白网络及其在动脉粥样硬化早期的变化，可以确定新的用于疾病检测和改善治疗目标的生物标记物。
研究结果
图1图1：人类LAD蛋白的加权共表达网络分析。
a：基于拓扑重叠矩阵(TOM)的相异度量的层次聚类，通过模块分配编码的LAD蛋白颜色邻接图。为清楚起见，仅显示具有至少一条边(邻接测量(K))97.5%瓦片的节点(蛋白质)(n-)。
b：左图显示当邻接幂参数β=10时，无标度拓扑最接近；右图显示邻接(K)与β=10时Prob(K)的对数对数图，证实了表达蛋白质连接性的幂律关系。
c：对50个90%随机样本的数据进行模块分配，该数据说明了蛋白质表达模式的模块结构的总体稳定性。颜色是根据簇大小分配的，簇大小可以随每个随机样本而变化。因此，实际的颜色分配可能会因运行而异，但模块成员资格保持相对稳定。
d：顶级非冗余围棋条款，带有Bonferroni校正的p值和每个模块的样本蛋白质。
图2图2：正常LAD和AA样本中线粒体蛋白的比较。
对完全正常的LAD和AA样本(每个解剖区域30例)进行DIA-MS分析，并调整年龄、性别、MYH11、RABA7A、TERA、G6PI。线粒体蛋白组LAD与AA的p值：脂肪酸代谢，p=0.04；氧化磷酸化，p0.；三氯乙酸，p0.；有丝分裂，p0.。
图3图3：LAD蛋白混合数据的凸性分析。
a：99份LAD样本中上调标记蛋白(UMP)混合表达的热图。
b：估计99个LAD样本中NL1、NL2、FS和FP的比例。
c：UMP亚群体特异性表达的热图。
d：关于第i个蛋白质表达读数‘x’的数学描述，其为存在于异质样本中的不同组织类型‘s’中的蛋白质表达的加权和，由混合比例‘a’加权。
e：散射空间中混合操作的几何形状，其产生压缩和旋转的散射单形，其顶点主存亚群特定的UMP并且对应于混合比例。
图4：病理蛋白质组表型。
a：病理学家对FP、FS和正常组织进行分级的等级聚类和主成分计分图，结合CAM得出的四种不同经验组织类型的比例估计。虚线圆圈表示第一主成分两端的样本(2：1)，第一主成分分隔纤维斑块和正常动脉组织。
b：动脉蛋白的log(褶皱变化：FP/Normal)与log(t-testQ值)的火山图。黑色数据点表示折叠变化1.7(或1/1.7)和Q值0.05的蛋白质。(未显示-log(Q值)10的两个蛋白质。)。
c：满足面板b中记录的折叠变化和Q值标准的N=88个蛋白质的光谱计数值的热图。单个蛋白质列在补充表8和9中。
d：与上游主调节器的影响一致的显著上调和下调的蛋白质的组合网络图。
e：预测的疾病过程及其附属蛋白被纤维斑块中上调和下调的蛋白显著过度表达。
图5图5：LAD纤维斑块蛋白的差异依赖网络分析。
a：图描述了FP和正常样本之间的蛋白质网络的重新布线。在FP样本中，绿色节点下调，红色节点上调。绿色边缘在正常样本中表示显著的相关性，但在FP样本中不是。红边表示FP样本中的显著相关性。黑色方块表示不同的网络“中枢蛋白”(即。与FP和正常样品中的网络伙伴有不同偶联的蛋白质。)。
b：差异网络中枢蛋白的GO项分析表明，TCA蛋白显著富集(p=4.8×10-6)。具有MS数据的TCA循环蛋白可用于额外的分析。在调整了看家蛋白、年龄和性别后，FP样本中用红框表示的每一种蛋白质的数量都低于正常样本。
c：FP与正常LAD标本中TCA蛋白的统计比较。
结论
人类动脉蛋白质组可以看作是一个复杂的网络，其结构特征随着解剖位置和动脉粥样硬化的存在或不存在而有很大的不同。这些数据表明，在动脉粥样硬化早期，线粒体蛋白丰度显著降低，同时也确定了血浆蛋白的一个子集，这些蛋白对血管造影定义的冠心病有很高的预测作用。
DOI：10./CIRCULATIONAHA...
参考文献
[1].FachEM,GarulacanLA,GaoJ,XiaoQ,StormSM,DubaquieYP,HeftaSA,OpiteckGJ.Invitrobiomarkerdiscoveryforatherosclerosisbyproteomics.MolCellProteomics.;3:–.[PubMed:]
[2].ConwayJP,KinterM.Proteomicandtranscriptomicanalysesofmacrophageswithanincreasedresistancetooxidizedlowdensitylipoprotein(oxLDL)-inducedcytotoxicitygeneratedbychronicexposuretooxLDL.MolCellProteomics.;
[3].–.[PubMed:]6.OlsonFJ,SihlbomC,DavidssonP,HultheJ,FagerbergB,BergstromG.Consistentdifferencesinproteindistributionalongthelongitudinalaxisinsymptomaticcarotidatheroscleroticplaques.BiochemBiophysResCommun.;:–.[PubMed:]