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设计院开展工程总承包业务起步阶段需要面对的核心问题有两个：
1.如何将勘察设计业务的经营体系和生产管理体系有效运用到总承包业务上？
2.如何在有效推进总承包业务的同时，避免对现有勘察设计业务产生严重影响？
这两个核心问题下都包含有较多二级问题，下面分别进行展开探讨（本篇探讨问题2，问题1探讨详见《设计院发展总承包起步阶段Ⅰ：如何将勘察设计业务体系运用到总承包上？——问题分析》一文）。
总承包业务有效推进的同时，如果对勘察设计业务体系冲击厉害，对人员心理的冲击严重，管理体系破坏了，管理无序了，那么就会对勘察设计业务产生破坏性的影响，而总承包业务的发展不是一蹴而就的，如果迟迟不能发展到应有的状态，那么就会给企业带来极大的风险。因此，现有勘察设计业务不受到严重影响，也是实践工作中的难点所在。
实践中导致总承包业务影响勘察设计业务的原因
1.资源冲突
人力资源冲突。开展总承包这类系统性更强的新业务，各设计院首先面对的是人力资源的冲突，尤其是一些优秀的核心设计人员和重要管理人员。总承包业务各项功能需要构建，人员需要落实，在内生式发展模式下，人力资源的冲突不可避免；
管理资源冲突。人力资源的冲突比较容易理解，但对管理资源冲突很多设计院往往认识不到位。起步阶段总承包业务的管理尚不成熟、不规范，看起来和勘察设计业务的管理没有本质区别，实际上真正健全的、成熟的总承包业务管理，工作内容多，流程长，工作更加复杂。导致管理人员包括勘察设计体系的相关中层领导，难以平衡时间、精力在两类业务上的投入，最后甚至反映到分管领导的冲突上。结果既可能扰乱勘察设计业务的管理，又不利于总承包业务的发展。
2.管理冲突
管理模式不兼容，扰乱了现有组织管理体系。从管理模式上看，存在两种极端的管理模式：（纯粹）直线职能制管理模式，和（纯粹）项目管理制管理模式，其它各种管理模式是介于二者之间的“混合物”。勘察设计业务也是项目式业务，从某种程度上讲也要引入项目管理模式，但勘察设计项目和总承包项目所需要的项目管理的成熟度和规范性是完全不同的，如果说勘察设计业务还可以勉强采用现有的直线职能制为主要成分的组织管理模式，那么总承包项目就需要更加规范的项目管理模式。
管理目标不兼容，“又快又好”和“又好又快”是两个不同的管理目标。总承包业务的设计工作除了和勘察设计业务一样有进度要求，更是把通过设计优化以降低投资放在第一位，这也是设计院开展总承包业务的优势所在。
人力资源调配权冲突。更多配置给项目部还是保留在常规部门。
收入分配与考评权冲突。更多配置给项目部还是保留在常规部门。收入分配与考评权的落实是人力资源调配权的保证（相关研究详见《设计院如何通过内部释放方式发展工程总承包》一文）。
具体问题及其表现
①健全总承包业务所需功能，会因业务量太少而导致大量资源闲置（其大部分来自当前勘察设计体系），若不健全必要功能则新业务难以有效推进。如何解决这一组织设计难点，使得功能完整设置的同时，在业务量较少的时期又不浪费资源？
②如何解决总承包项目在不封闭管理下对设计体系可能产生的干扰？现有“临时搭班子、封闭操作”的方式不可取，应该事前进行良好的功能构造和部门建设，以项目部和总承包常规管理体系各部门共同完成项目的生产。然而一旦用这种不封闭管理的方式，原来由项目经理，项目部和勘察设计业务体系部门之间发生的接口关系，变成两个体系的部门之间发生接口关系，冲突的层次更高更激烈，对原有体系的干扰更大。
③如何在勘察设计业务现有管理模式基础上，采取规范的项目管理模式完成总承包项目？勘察设计业务可以不采用比较规范的项目管理模式，但是总承包这一类系统性的项目所要求的管理模式应该是比较规范的，成熟程度较高的项目管理模式，在一时不易改变现有更加接近于直线职能制的管理模式的情况下，如何去兼容较为规范的项目管理模式？
④人力资源调配权如何在总承包项目部与设计单位之间有效配置？
⑤考评分配权如何在总承包项目部和设计单位之间进行有效配置？
⑥在主设计院体制下，如何在为总承包业务体系预留较大改进空间条件下不改变组织体制的基本性质？（相关研究详见《设计院发展总承包起步阶段Ⅳ：有效推进总承包时如何避免对设计业务影响？——解决思路》一文。）
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